- Colectiv pentru culturi de alge
- Colectiv de hidrobiologie
- Colectiv de microbiologie acvatică
- Colectiv de chimia ecosistemelor acvatice
- Colectiv de protecție a mediului
- Colectiv de monitorizare a parametrilor de calitate a mediului
- Centrul de consiliere și control pentru îmbunătățirea factorilor de mediu din acvacultură
- Colectiv de tehnologii în acvacultură
- Colectiv de patologia și fiziologia vieţuitoarelor acvatice
- Colectiv de genetică,selecție și ameliorare
- Colectiv pentru procesarea, calitatea și siguranța produselor din acvacultură și pescuit
- Colectiv de evaluare a resurselor acvatice din habitatele naturale și amenajate
- Colectiv de evaluare resurse acvatice vii din habitatele naturale punct de lucru comuna Pojejena, jud. Caraș Severin
- Colectiv pentru reproducere artificială de creștere specii de pești valoroase
- Colectiv tehnici și unelte de pescuit
- Colectiv de cercetări agro-pescărești punct de lucru Brateș
- Colectiv de monitorizare a calității și siguranței produselor din acvacultură punct de lucru Brateș
- Colectiv de genofonduri pescărești punct de lucru Cotu Chiului